पुरुष जननांग प्रणाली में बाहरी और आंतरिक दोनों भाग होते हैं। बाहरी पुरुष जननांग में लिंग, मूत्रमार्ग और अंडकोश शामिल हैं। आंतरिक पुरुष जननांग में वीर्य पुटिका, वृषण, वास डिफेरेंस, एपिडीडिमिस, प्रोस्टेट, बल्बोयूरेथ्रल ग्रंथि और स्खलन वाहिनी शामिल हैं।
लिंग बाहरी पुरुष जननांग का मुख्य हिस्सा है, जिसमें यौन और शारीरिक दोनों कार्य होते हैं। यह सेक्स के दौरान वीर्य (शुक्राणु युक्त) स्खलन और मूत्र के शरीर को राहत देने में सक्षम है। मूत्रमार्ग पुरुष शरीर से मूत्राशय से मूत्र को स्थानांतरित करता है। वीर्य मूत्रमार्ग के माध्यम से भी यात्रा करता है।
प्रत्येक पुरुष के दो अंडकोश की थैली होती है, जो आंतरिक पुरुष जननांग के कुछ हिस्सों (एपिडीडिमिस, वृषण और निचले शुक्राणु डोरियों) को घर देती है। वृषण आंतरिक पुरुष जननांग का सबसे महत्वपूर्ण हिस्सा है क्योंकि वे शुक्राणु बनाते हैं और संग्रहीत करते हैं, साथ ही साथ पुरुष शरीर को हार्मोन के साथ आपूर्ति करते हैं, जो पुरुष विशेषताओं और प्रजनन अंगों के विकास को नियंत्रित करते हैं।
एपिडीडिमिस, वृषण और वास deferens के बीच शुक्राणुओं को संग्रहीत, परिपक्व करता है और स्थानांतरित करता है, जो मूत्रमार्ग की ओर शुक्राणु को प्रसारित करते हैं। सेमिनल पुटिका मूत्रमार्ग से सटे होते हैं और एक दूधिया तरल पदार्थ का स्राव करते हैं जो अंततः स्खलन वाहिनी के माध्यम से छुट्टी दे दी जाती है। बल्बौरेथ्रल ग्रंथियां वीर्य के स्त्राव में भी सहायता करती हैं।
